Neşe Karaböcek, plakçı Atilla Alpsakarya’yla 1964’te evlendi ve bu evlilikten bir oğlu oldu. 1974’te boşandılar. Atilla Alpsakarya, Neşe Karaböcek’in kardeşi Gülden Karaböcek’le aynı yıl evlendi. 1983’te de ayrıldılar.

Boşandığı kocasıyla evlenmesi nedeniyle kardeşiyle 44 yıldır konuşmayan Neşe Karaböcek, kardeşinin kendisinden af dilemediğini belirtti. Posta’ya konuşan Karaböcek, “Annemin cenazesinde karşılaştık. Hiçbir şey olmamış gibi bir iki şey konuştuk. Sonra ayrıldık. Zaten cenazede ne konuşulur ki?” dedi.

Kardeşi Gülden Karaböcek’in şimdi gelip af dilemesi halinde onu affedemeyeceğini söyleyen Neşe Karaböcek şöyle konuştu: “Affetmek Allah’a mahsus! Ama benim içim kaldırmıyor açıkçası. Yüzüne bile bakamıyorum, bakmam.”

Neşe Karaböcek 45 yıldır gazeteci Tevfik Yener’le evli ve bu evliliğinden de bir oğlu var.